Η μορφοφωνηματική είναι κλάδος της γλωσσολογίας που εξετάζει τις συστηματικές συγχρονικές εναλλαγές ενός μορφήματος ανάλογα με το μορφολογικό ή φωνητικό του περιβάλλον. Ως κλασικό παράδειγμα δίνεται το αγγλικό knife 'μαχαίρι' (εν.)/ knives (πληθ.), στο οποίο η εναλλαγή των φωνημάτων /f:v/ συσχετίζεται με τη διάκριση των μορφολογικών κατηγοριών ενικός:πληθυντικός. Η εναλλαγή f:v αποτελεί μια μορφοφωνηματική ενότητα, το μορφοφώνημα, που παρίσταται σε άγκιστρα με σύμβολο το αντιπροσωπευτικό φώνημα (σε κεφαλαία), π.χ. στο πιο πάνω παράδειγμα . Πρβ. επίσης house 'σπίτι'/ house 'στεγάζω' με εναλλαγή των s:z για τις κατηγορίες: s όνομα/ z ρήμα και μορφοφώνημα . Σημειωτέον ότι ο όρος μορφοφωνηματική είναι του αμερικανικού στρουκτουραλισμού . Στην ευρωπαϊκή παράδοση ο όρος είναι μορφονολογία, με απλολογία του μορφο(φω)νολογία, όπως είχε προτείνει ο Trubetzkoy, χωρίς όμως τελικά να προλάβει να ολοκληρώσει το πρόγραμμά του - πρβ. το χαρακτηριστικό τίτλο του Singh (1996), Trubetzkoy's Orphan.

Στη μορφοφωνηματική οι εναλλαγές των μορφημάτων μιας γλώσσας διακρίνονται ανάλογα με το μορφολογικό ή το φωνητικό τους περιβάλλον σε μορφοφωνηματικές ή λεξικές εναλλαγές και αυτόματες ή φωνητικές εναλλαγές (βλ. Haspelmath 2002, 181 κ.ε., με περισσότερα παραδείγματα από άλλες γλώσσες). Για παράδειγμα, στα ελληνικά μορφοφωνηματικές ή λεξικές εναλλαγές είναι εναλλαγές όπως λέγω:λόγος με εναλλαγή /e~o/ στο μορφολογικό περιβάλλον ρήμα:όνομα, ή δίνω (δi-n-o):έδωσα (e-do-s-a) με εναλλαγή /i~o/ στο θέμα, που συσχετίζεται με το μορφολογικό περιβάλλον του χρόνου (ενεστώτας:αόριστος). Αντίθετα αυτόματες εναλλαγές που οφείλονται στο φωνητικό περιβάλλον -ανεξάρτητες από την μορφολογία- είναι περιπτώσεις όπως: (α) ανοίγω (aníγ-o):ανοιχτό (anix-tó), με εναλλαγή ηχηρό :άηχο /γ~x/ από αφομοίωση ηχηρότητας του γ στο επόμενο άηχο t, όπως και η εναλλαγή (β) τρέχω/τρέχουμε (trex-o/-ume) : τρέχει/τρέχετε (trex´-i/ete) με μεταβολή του υπερωικού σε ουρανικό (x> x´) από αφομοίωση στο μπροστινό φωνήεν [e/i] που ακολουθεί.

Οι αυτόματες εναλλαγές στα παραδείγματα (α) και (β) δεν είναι του ίδιου τύπου. Και οι δύο περιπτώσεις είναι μεν αποτέλεσμα φωνητικού περιβάλλοντος, η διαφορά τους όμως είναι ότι οι εναλλαγές στο (α) είναι εναλλαγές φωνημάτων /γ/~/x/ (πρβ. γόμα: χώμα), ενώ οι εναλλαγές όπως στο (β) x~x´ είναι αλλοφωνικές εναλλαγές ενός μόνο φωνήματος του /x/. Η διάκριση αυτή είναι χαρακτηριστική μιας θεωρίας, που συσχετίζει τη μορφολογία με το φωνολογικό επίπεδο.

Οι μορφοφωνολογικές εναλλαγές, είναι αποτελέσματα ιστορικών διαδικασιών και, ανάλογα με την παραγωγικότητα και τη χρήση τους στη συγχρονική γραμματική μιας γλώσσας, διακρίνονται περαιτέρω σε τρεις τύπους: κατάλοιπες, κοινές και παραγωγικές εναλλαγές.

Οι κατάλοιπες εναλλαγές επιβιώνουν με περιορισμένη χρήση σε μεμονωμένες μορφολογικές κατηγορίες ή και λέξεις : π.χ. λέγω/λόγος με εναλλαγή e~o στο μορφολογικό περιβάλλον ρήμα-όνομα, η εναλλαγή e~i σε ενεστωτικό (μη συντελικό)-αοριστικό (συντελικό) θέμα: μένω-έμεινα (men-min), σπέρνω- έσπειρα (sper-spir), παραγγέλλω-παράγγειλα (paragel-paragil) που, όπως ξέρουμε, ιστορικά είναι το αποτέλεσμα αναπληρωματικής έκτασης (Φ(ωνήεν) + ηχητικό σύμφωνο (n, r, l ) + s) και που πιθανόν είχε ήδη αρχίσει να παίρνει μορφολογικό χαρακτήρα στην αττική διάλεκτο.

Οι κοινές εναλλαγές έχουν μεγαλύτερη εφαρμογή και είναι ίσως συνειδητές στον ομιλητή , δεν εφαρμόζονται όμως σε δάνεια . Ως παράδειγμα αναφέρουμε την εξασθένηση του οδοντικού έρρινου ν (n) στη συγχρονική του χρήση στην κοινή νεοελληνική. Πρβ. έπλυνα (έπλυν-α) αλλά πλύθηκε <πλύν-θηκε, με αποβολή του έρρινου πριν από εξακολουθητικό στο μορφολογικό περιβάλλον του παθητικού αόριστου. Την μορφολογοποίηση της ιστορικής εξασθένησης δείχνει και η αποβολή του έρρινου πριν από εξακολουθητικό στο άρθρο: το Θωμά, τη Σοφία και προαιρετικά στην κλιτική αντωνυμία θηλυκού γένους : τη(ν)θέλει. τη(ν) σώζει, χωρίς όμως αποβολή στον αντίστοιχο τύπο του αρσενικού, π.χ. τον θέλει, τον σώζει. Σε άλλα περιβάλλοντα το έρρινο διατηρείται π.χ. άνθος, ξανθός, εξάνθημα, ένσημα κλπ.· πρόκειται είτε για δάνεια από παλαιότερες περιόδους της γλώσσας ή και για νεοπλασμοί , που συντέλεσαν στη μορφολογοποίηση του ιστορικού νόμου (βλ. το ίδιο και πιο κάτω).

Οι παραγωγικές εναλλαγές έχουν ακόμα μεγαλύτερη εφαρμογή, είναι συνειδητές στον ομιλητή και μπορούν να επεκταθούν και σε νέες παράλληλες χρήσεις όπως σε δανεισμούς . Ως παράδειγμα αναφέρουμε την ανομοίωση τρόπου άρθρωσης δύο εξακολουθητικών, π.χ. -fs- >-ps- στα γράφω:έγραψα (γráf-o:é-γrap-sa) στο μορφολογικό περιβάλλον του ενεργητικού αόριστου ή τις ανομοιώσεις τρόπου άρθρωσης στον παθητικό αόριστο: γράφτηκα (fθ >ft), βρέχτηκα (xθ >xt) κλπ. Πρβ. την μη εφαρμογή της ανομοίωσης σε άλλα περιβάλλοντα όπως π.χ. στα εύσωμος, καύσιμα με -fs- ή στα άφθονος με -fθ-, καταχθόνιος με -xθ- κλπ., με διατήρηση των δύο εξακολουθητικών σε λέξεις, ή και τις παραλλαγές, όπως εχθές~εχτές. Η μορφολογοποιημένη ανομοίωση τρόπου εφαρμόζεται σε νέα δάνεια προσαρμοσμένα στο σύστημα , πρβ. στρεσάρω, στρεσάρισε - στρεσαρίστηκε.

Παραγωγική είναι και η εναλλαγή ι~j στην κλίση των ουδετέρων ή του ρήματος: παιδί-παιδιού (-í+u- >-jú-), αγάπησα-αγαπιέμαι (-í+e->-jé-), και στην παραγωγή ουσιαστικών: αχλάδι-αχλαδιά (-i+á>-já) ή επιθέτων: θαλασσί-θαλασσιά. O ιστορικός νόμος της ημιφωνοποίησης του i/e σε ημίφωνο j πριν από φωνήεν συγχρονικά περιορίζεται σε συγκεκριμένα μορφολογικά περιβάλλοντα, δεν έχει όμως απόλυτη ισχύ όπως δείχνουν οι εξαιρέσεις: γυμνασίου, θρανίου, και οι εναλλαγές : γιατρός αλλά ιατρείο κλπ. Είναι όμως αναγνωρίσιμος στους ομιλητές, και εφαρμόζεται σε δάνεια, όπως: ταξί-ταξιά, τσέκι-τσέκια (πρβ. check), μοβί πουκάμισο-μοβιά μπλούζα (μοβ mauve γαλ.) κλπ.