[1.19.5] Μετά την κατάληψη της Μιλήτου έπλευσε ο ίδιος ο Αλέξανδρος εναντίον εκείνων που είχαν καταφύγει στο νησί. Έδωσε διαταγή να τοποθετηθούν σκάλες στις πλώρες των πολεμικών του πλοίων, για να επιχειρήσει απόβαση από τα πλοία στα απόκρημνα μέρη του νησιού σαν να ήταν τείχη φρουρίου. [1.19.6] Όταν όμως είδε ότι αυτοί που κατέφυγαν στο νησί ήταν πρόθυμοι να πολεμήσουν ως το τέλος, τους λυπήθηκε, επειδή του φάνηκαν γενναίοι άνδρες και πιστοί, και συνθηκολόγησε μαζί τους με τον όρο να τον ακολουθήσουν στην εκστρατεία. Οι στρατιώτες αυτοί ήταν τριακόσιοι περίπου Έλληνες μισθοφόροι. Και τους ίδιους όμως τους Μιλησίους, όσοι δεν σκοτώθηκαν στην κατάληψη της πόλεως, τους συγχώρησε και τους επέτρεψε να ζουν ελεύθεροι.
[1.19.7] Οι βάρβαροι ωστόσο, χρησιμοποιώντας ως ορμητήριο τη Μυκάλη, έπλεαν τη μέρα εναντίον του ελληνικού στόλου με την ελπίδα ότι θα τον προκαλούσαν σε ναυμαχία· τη νύχτα όμως άραζαν κοντά στη Μυκάλη σε ακατάλληλο αγκυροβόλι, γιατί αναγκάζονταν να προμηθεύονται νερό από μακριά, από τις εκβολές του Μαίανδρου ποταμού. [1.19.8] Ο Αλέξανδρος λοιπόν φύλαγε με τα πλοία το λιμάνι των Μιλησίων, για να μην παραβιάσουν οι βάρβαροι την είσοδό του· έστειλε όμως τον Φιλώτα στη Μυκάλη με τους ιππείς και με τρία τάγματα πεζικού, με την εντολή να εμποδίζει τα πληρώματα του περσικού στόλου να βγαίνουν στη στεριά. Αυτοί, επειδή από έλλειψη νερού και άλλων αναγκαίων έμοιαζαν σχεδόν σαν πολιορκημένοι μέσα στα πλοία τους, απέπλευσαν για τη Σάμο. Προμηθεύτηκαν τρόφιμα από εκεί και έπλευσαν ξανά προς τη Μίλητο. [1.19.9] Τα περισσότερα πλοία τους τα παρέταξαν μπροστά στο λιμάνι στα ανοιχτά, μήπως και παρασύρουν προς το πέλαγος τους Μακεδόνες· πέντε όμως από αυτά μπήκαν στο λιμάνι που ήταν ανάμεσα στη νήσο Λάδη και στο μακεδονικό στρατόπεδο, με την προσδοκία ότι θα έβρισκαν άδεια τα πλοία του Αλεξάνδρου, επειδή είχαν πληροφορηθεί ότι τον περισσότερο καιρό οι ναύτες απομακρύνονταν από τα πλοία, άλλοι για φρύγανα, άλλοι για προμήθειες και άλλοι για επισιτισμό. [1.19.10] Έλειπαν πράγματι μερικοί ναύτες, αλλά με αυτούς που ήταν εκεί επάνδρωσε ο Αλέξανδρος δέκα πλοία του. Μόλις λοιπόν είδε τα πέντε περσικά πλοία να πλέουν προς το μέρος του, τα έστειλε με βιασύνη εναντίον τους, με την εντολή να επιτεθούν με τις πλώρες κατά μέτωπον και να τα βυθίσουν. Όταν οι ναύτες των πέντε περσικών πλοίων είδαν τους Μακεδόνες να πλέουν αναπάντεχα εναντίον τους, έκαμαν στροφή από μακριά και κατέφυγαν στον υπόλοιπο στόλο τους. [1.19.11] Κατά την καταδίωξη κυριεύτηκε αύτανδρο το πλοίο των Ιασσέων, επειδή δεν έτρεχε γρήγορα, ενώ τα υπόλοιπα τέσσερα πρόφθασαν και κατέφυγαν στον στόλο τους. Έτσι λοιπόν απέπλευσαν άπρακτοι οι Πέρσες από τη Μίλητο.
[1.20.1] Ο Αλέξανδρος αποφάσισε να διαλύσει το ναυτικό του, από τη μια γιατί εκείνη την εποχή δεν είχε χρήματα και από την άλλη γιατί έβλεπε ότι δεν μπορούσε με τον στόλο του να αντιμετωπίσει τον περσικό· γι᾽ αυτόν τον λόγο δεν ήθελε να θέσει σε κίνδυνο και μικρό έστω μέρος του στρατού του. Σκεφτόταν άλλωστε ότι δεν χρειαζόταν πια το ναυτικό του, αφού κατείχε ήδη με το πεζικό του την Ασία· αν μάλιστα κυρίευε και τις παραλιακές πόλεις, τότε θα διέλυε το περσικό ναυτικό, γιατί οι Πέρσες δεν θα είχαν ούτε από πού να αναπληρώσουν τον εφοδιασμό τους σε ναύτες ούτε σε ποιό μέρος της Ασίας να προσορμιστούν. Και την εμφάνιση του αετού την εξηγούσε πως σήμαινε ότι από την ξηρά θα νικήσει τα πλοία.